Wilayah Pusat Pemerintahan Kabupaten Teluk Bintuni yang berkembang terus menjadi wilayah perdagangan, mensyaratkan tersedianya kemudahan dan kecepatan akses, terutama di bidang sarana prasarana transportasi, karena menjadi daerah tujuan bisnis dan investasi.
Sebagai wilayah dagang baru, aktifitas warga sangat membutuhkan akses yang cepat di bidang transportasi. Saat ini Bintuni memiliki infrastruktur transportasi darat, sungai, dan udara yang melayani perjalanan lokal antar distrik dan kota.
Angkutan Kota
Transportasi kota yang selalu siap mengantar warga hingga ke tujuannya antara lain, angkutan kota (angkot), ojek dan becak. Ojek dan angkota merupakan transportasi publik yang paling banyak dijumpai karena paling ekonomis.Saat ini angkot melalyani rute Pusat Kota - SP5 - SP4 - SP1 - SP2 - SP3 (SP = Sentra Pemukiman Transmigrasi).
Bus kota sementara hanya digunakan oleh siswa sekolah serta karyawan pemerintah kabupaten untuk keperluan operasionalnya.
Terminal Pasar Sentral
Pada terminal ini tersedia
angkutan antar kota yang melayani rute Bintuni - Manokwari dengan menggunakan kendaraan sejenis jeep seperti Toyota Land Cruiser, Mitsubishi Triton, Toyota Hi Lux dan lainnya. Tarif angkutan bervariasi antara Rp.300 ribu sampai dengan Rp. 500 ribu per orang.
Bandara Bintuni
Saat ini bandara bintuni terus dikembangkan menjadi bandara yang lebih baik yang nantinya diharapkan dapat melayani rute perjalan antar kota ke berbagai wilayah di Indonesia.
Dengan panjang landasan 1600 meter, sementara ini bandara bintuni hanya dapat didarati oleh pesawat sejenis cessna, twin otter atau pesawat sejenis lainnya. Maskapai penerbangan yang beroperasi saat ini antara lain Merpati, Susi Air, Avia Star dan maskapai penerbangan carteran lainnya. Rute yang dilayani seperti Bintuni - Manokwari, Bintuni - Sorong, Bintuni - Babo.
Pelabuhan Bintuni
Transportasi laut didukung fasilitas kapal penumpang dengan rute menuju Sorong melalui Babodari Pelabuhan Bintuni. Menggunakan kapal penumpang dengan ukuran sedang dengan biaya Rp.300 ribu sekali jalan tujuan Sorong dan Rp.50 ribu tujuan Babo, penumpang dapat menikmati angkutan yang cukup nyaman ini. Rute ini dilayani oleh 3 maskapai pelayaran menggunakan kapal "Bunda Maria", "Getsemani" dan "Fajar Mulya" yang berangkat dari Bintuni setiap hari Kamis, Jumat dan Senin, waktu yang diperlukan menuju Babo sekitar 2 jam dan Sorong sekitar 20 jam.
